जवाई, सुकरी, गुहिया, बांदी और जोजरी नदियाँ लूनी नदी की प्रमुख सहायक नदियाँ हैं। जोजरी एकमात्र सहायक नदी है जो नदी के दाहिने किनारे में विलीन हो जाती है जबकि अन्य 10 सहायक नदियाँ इसके बाएं किनारे तक पहुँचती हैं। जोजरी को छोड़कर सभी सहायक नदियाँ अरावली पहाड़ी से निकलती हैं।
लूनी नदी में अचानक बाढ़ आ गई है क्योंकि नदी उथले तल पर बहती है और नदी के किनारे की मिट्टी बारिश के पानी से आसानी से चपटी हो जाती है।
सबसे खराब बाढ़ 2006 में आई थी, जब रेगिस्तानी क्षेत्र में भारी बारिश हुई थी। आसपास के क्षेत्र में जल स्तर बढ़कर 15-25 फीट हो गया। 2006 में आई बाढ़ ने बाड़मेर जिले में नदी के किनारे कई हिस्सों को जलमग्न कर 15-25 फीट तक पानी का स्तर बढ़ा दिया था। बाढ़ में बड़ी संख्या में लोग और जानवर मारे गए। 2010 में, एक और बाढ़ आई लेकिन हताहतों की संख्या कम थी।