भारतीय कर प्रणाली में निम्नांकित दोष पाये जाते हैं -
1. न्यायशीलता का अभाव - भारतीय कर प्रणाली न्यायोचित नहीं है। क्योंकि अप्रत्यक्ष करों की अधिकता के कारण धनी वर्ग की अपेक्षा निर्धन वर्ग पर कर का भार अधिक पड़ता है।
2. समानता का अभाव - भारतीय कर प्रणाली अमीरों एवं गरीबों के प्रति भेदभाव रखती है।
3. मितव्ययिता का अभाव - भारतीय कर प्रणाली में मितव्ययिता का अभाव पाया जाता है, क्योंकि करों के वसूल करने में व्यर्थ के खर्च अधिक होते हैं।
4. आदर्श कर प्रणाली नहीं - भारतीय कर प्रणाली आदर्श कर प्रणाली नहीं है, क्योंकि यहाँ उद्योग धंधों की आवश्यकता को जाने बिना ही आयात एवं निर्यात कर लगाये जाते हैं ।
5. अव्यवस्थित कर प्रणाली - भारतीय कर प्रणाली अव्यवस्थित है, क्योंकि इसका विकास वैज्ञानिक आधार पर नहीं हुआ है।
6. कार्यकुशलता का अभाव - भारतीय कर प्रणाली में कार्यकुशलता का अभाव है। परिणामस्वरूप कर की चोरी अधिक होती है।
7. प्रतिगामी कर प्रणाली - भारतीय कर प्रणाली की प्रवृत्ति प्रमुख रूप से प्रतिगामी है, जिसके अनुसार निर्धन वर्ग को धनी वर्ग की तुलना में अधिक कर चुकाना पड़ता है।
8. अनिश्चितता - भारतीय कर प्रणाली में एक दोष यह भी है कि इसमें अनिश्चितता पायी जाती है, क्योंकि भारत में बजट मानसून का जुआ समझा जाता है।